Lo prometido es deuda, dije que probaría algún programa para archivos duplicados y sobretodo que intentaría encontrar alguno que permitiera la comparación entre unidades de disco distintas. Y así ha sido, he encontrado este programa que permite hacer exactamente eso. La interfaz está totalmente en inglés pero es muy intuitiva. Solamente tenemos que seleccionar las unidades o carpetas que se incluirán en el escaneo, establecer los criterios de búsqueda (por ejemplo *.jpg, busca todos los archivos duplicados con esa extensión, o *.* busca todos los archivos duplicados) y darle a buscar.

Tras la búsqueda el programa mostrará la lista de archivos duplicados, su ubicación, su tamaño, etc. Tras lo cual podremos decidir que hacer con los archivos duplicados: borrarlos, moverlos o renombrarlos. Una pega que le veo (que quizá tiene solución que aún no he visto) es que se tienen que marcar de uno en uno... pero bueno, de todas maneras el programa está muy bien y es freeware, además está en versión portable por lo que lo pondré en mi pen para que salga con el portableapps.